1235年（嘉禎元年）、鎌倉幕府4代将軍・藤原頼経により建立され。鎌倉幕府の将軍の発願によって建立された鎌倉市内に現存する唯一の寺院である。
幕府の鬼門の方角に当たる十二所に鬼門除けの祈願所として、五大明王をおまつりしている。鎌倉で五大明王をおまつりしているのは明王院のみ。
御不動様の縁日にあたる毎月28日午後1時より本堂で執り行われる護摩法要は誰でも参加できる。